SRMAtlas Home

Utvalgte / Multiple reaksjonsovervåkningsanalyser, utført på trippel quadrupole instrumenter, kan kobles til væskekromatografi for analyse av komplekse proteomfordøyelser.

I SRM/MRM-analyser brukes de første (Q1) og siste (Q3) masseanalysatorer av et trippel quadrupol massespektrometer som massefiltre for å isolere et peptidion og et tilsvarende fragmention. Signalet til fragmentionet overvåkes deretter over den kromatografiske elueringstiden (Fig. 1). Selektiviteten som følger av de to filtreringstrinnene, kombinert med høy driftssyklus, resulterer i kvantitative analyser med uovertruffen følsomhet og spesifisitet. De spesifikke parene av m / z-verdier knyttet til forløperen og fragmentet ioner valgt er referert til som «overganger» og effektivt utgjør massespektrometriske analyser som tillater å identifisere og kvantifisere et spesifikt peptid og, ved slutning, det tilsvarende protein i et komplekst protein fordøye.

Figur 1.

prosessen med å etablere EN SRM / MRM-analyse for et protein består av en rekke trinn:
1. Valg av riktig peptid / s, unikt for proteinet av interesse og viser høy massespektrometri signalrespons (proteotypiske peptider, Ptp), for å maksimere sensitiviteten til analysen
2. Utvalg av dominerende peptidfragmenter som er spesifikke for peptidet av interesse som skal brukes i MRM-overgangen
3. Til slutt, for hvert peptid-fragmentpar, optimalisering av spesifikke MS-parametere (f.eks. kollisjonsenergien) for å maksimere signalresponsen/følsomheten
4. Validering AV mrm-analysen for å bekrefte peptididentitet, f.eks. ved å anskaffe et FULLT MS2-spektrum av peptidet i det triple quadrupole instrumentet som brukes til MRM
5. Ekstraksjon av DE endelige «koordinatene» AV MRM-analysen, inkludert de valgte peptid-og peptidfragmentene, de tilsvarende masse-til-ladningsforholdene, fragmentintensitetsforholdene, den tilhørende kollisjonsenergien og den kromatografiske elueringstiden som eventuelt skal brukes i tidsbegrensede MRM-analyser

Totalt sett er Dette en lang og iterativ prosess, Men Når EN MRM-analyse for et protein er etablert, blir det universelt nyttig, dvs. den kjedelige analyseutviklingsprosessen må bare utføres en gang, for en gitt type massespektrometer og fragmenteringsmekanisme(f. eks.

i MRMAtlas presenteres hver proteinanalyse som et sett med optimale MRM-koordinater for peptidet(e) som representerer et protein. Peptididentifikasjoner har blitt validert ved å anskaffe de tilsvarende tandem massespektrene på det triple quadrupole massespektrometeret, som kan betraktes som enkelt-eller konsensusspektra. De endelige analysekoordinatene kan lastes ned direkte I Excel-tabellformat som kan limes direkte inn i EN MRM/SRM-metode for et trippel quadrupole instrument og brukes til å spesifikt oppdage og kvantifisere proteinet av interesse i et komplekst proteinfordøyelse.

(Tilpasset Fra: A. Schimdt, P. Picotti og R. Aebersold Proteomeanalyse og systembiologi BIOspektrum, 1/2008, S. 44)

Legg igjen en kommentar

Din e-postadresse vil ikke bli publisert.